Στα μέσα του 20 ου αιώνα το θέμα που αφορούσε την ύπαρξη του αγίου Φανουρίου δημιούργησε αναταράξεις στους εκκλησιαστικούς κύκλους των Αθηνών , εξαιτίας της ανεγέρσεως μιας εκκλησιάς αφιερωμένης σε αυτόν.
Ένα βιβλίο γραμμένο από τον Ιεζεκιήλ Βελανιδιώτη με τον τίτλο «άγιος Φανούριος» , δημοσιευμένο στο Βόλο το 1948, περιγράφει μια εκκλησιαστική διαμάχη που συνέβη στην Ααθήνα το 1947 εξαιτίας της ανεγέρσεως ενός μικρού παρεκκλησίου στο Παγκράτι (στην ομώνυμη οδό Αγ.Φανουρίου). Ο μητροπολίτης Σύρου Μεθόδιος είχε αφιερώσει το εκκλησίδιο , συμφωνα με το βιβλίο, στον ανύπαρκτο Αγ.Φανούριο.
Η Ιερά Σύνοδος εξέδωσε εγκύκλιο που απαγόρευε την αφιέρωση ναών στον Αγιο Φανούριο, ισχυριζόμενη πως τέτοιος άγιος δεν υπήρξε ποτέ. (!!!!)
Ως αποτέλεσμα αυτής της εγκυκλίου, ο μητροπολίτης Μεσσηνίας Μελέτιος ο οποίος σκόπευε να αφιερώσει ένα μικρό ναό της Ιεράς Μονής Βελανιδιάς στον Αγιο Φανούριο , άλλαξε απόφαση και θέλησε να ονομάσει το εκκλησάκι επ ονόματι του αγ.Μεγαλομάρτυρος Γεωργίου.
Φαίνεται όμως πως παρά την απόφαση της Ι.Συνόδου ο λαός επέβαλε τη θέληση του να εορτάζει τη μνήμη του αγίου Φανουρίου και έτσι η μνήμη του τιμάται έως σήμερα.(Βαλανιδιώτης 1948,3)
(στη φωτογραφία εκκλησάκι του θαυματουργού και καλόβολου αγίου στην Υδρούσα των Κυκλάδων)